O współpracy z zakonnikami w dziele pomocy osobom pokrzywdzonym wykorzystaniem seksualnym w Kościele mówiono od początku powołania Fundacji przez Konferencję Episkopatu Polski. Jak podkreślał w październiku 2019 r. abp Wojciech Polak, powołanie Fundacji Świętego Józefa KEP to wyraz solidarności Kościoła w Polsce z pokrzywdzonymi. Już wtedy podkreślono, że biskupi podejmą również rozmowy z zakonami męskimi i żeńskimi na temat włączenia się w działalność Fundacji oraz współodpowiedzialności za jej kształt.  

Do prowadzenia rozmów z Konferencją Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich w Polsce w celu wypracowania zasad współpracy dotyczącej działalności Fundacji Świętego Józefa został upoważniony abp Wojciech Polak jako delegat Episkopatu ds. ochrony dzieci i młodzieży, a jednocześnie przewodniczący Rady Fundacji. Po ustaleniu zasad współpracy i uzgodnieniu przez obie strony tekstu Deklaracji, podczas obrad Konferencji Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich w dniu 12 listopada ub.r. przełożeni zakonni zdecydowali o przyjęciu projektu i wyrazili gotowość podpisania Deklaracji. Tą samą deklarację przyjęli polscy biskupi podczas Zebrania Plenarnego KEP 11 marca br. W trakcie posiedzenia przewodniczący Konferencji Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich o. Janusz Sok CSsR wraz z przewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski abp. Stanisławem Gądeckim podpisali tekst Deklaracji.

Przełożeni instytutów życia konsekrowanego i stowarzyszeń życia apostolskiego postanowili przystąpić do współpracy w ramach Fundacji Świętego Józefa na okres 3 lat, a decyzja o przedłużeniu umowy będzie poprzedzona oceną skuteczności działań Fundacji. Zgodnie z przyjętymi przez obie strony ustaleniami, zakony męskie przyjmują takie same zobowiązania i otrzymują takie same uprawnienia jak diecezje wspierające Fundację. Wysokość corocznych wpłat wnoszonych na rzecz Fundacji w imieniu prezbiterów zakonnych pracujących w Polsce będzie taka sama jak w przypadku księży diecezjalnych (obecnie 150 zł). Każda jurysdykcja zakonna wyznaczy koordynatora ds. kontaktu z Fundacją. Deklaracja reguluje też udział przedstawiciela zakonów męskich we władzach Fundacji.  

Konsulta Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich w Polsce wskazała do Zarządu Fundacji Świętego Józefa ks. dr. Janusza Łuczaka SAC. Jego kandydatura została przyjęta przez Radę Fundacji, a następnie zatwierdzona przez Fundatora podczas Zebrania Plenarnego KEP w dniu 11 marca.

Fundacja Świętego Józefa Konferencji Episkopatu Polski w pierwszym roku działalności przeznaczyła ponad 700 tys. zł na projekty w 11 diecezjach oraz wsparcie Centrum Ochrony Dziecka, Regionalnego Punktu Konsultacyjnego w Poznaniu, grup wsparcia dla osób pokrzywdzonych (w Warszawie i Krakowie), a także podniesienie kompetencji osób wspierających osoby zranione (10 osób z 5 diecezji) i pomoc indywidualną dla 13 osób.